质粒是基因工程中常用的载体，也是生物学实验的基本要素，准确的阅读质粒图谱是实验的第一步，对于实验小白，本文教你若何快速破译质粒图谱。
首先，熟悉你所感兴趣的质粒
让我们从一个经典的质粒pBR322最先，由于它具有乐成克隆所需要的所有特征，因此常被用作衍生载体的主干。从图谱中央可以看到，线性化质粒的巨细为4361个碱基对。在最先处置任何质粒之前，建议使用一种怪异的限制性内切酶将其线性化，以检查巨细是否与预期大致相同。
玄色箭头示意转录的偏向，这是克隆所必须的。若是你在另一个基因的中心克隆了你的目的基因，请确保这两个基因的转录偏向相同。否则，内陆启动子会滋扰你的基因表达。
“Ori”是什么意思?
在诸如Entrez-PubMed这样的基因序列数据库中，质粒序列以线性序列的形式从ori序列最先绘制。“Ori”指质粒复制的起点，不能改变它，一旦质粒不能复制，则是无用的。
关于ori要记着的另一件事是，同源质粒常常是不相容的。这意味着你将无法在一个细胞中维持两个pBR323衍生的载体，纵然它们具有差别的抗生素耐药性基因。pBR322 ori也被用于pUC18，真核生物载体中第二常见的主干。
限制性位点在哪里找？
响应酶的限制性位点用起始核苷酸位置的垂直线示意。这些位置应该是唯一的，但值得一查，由于衍生载体通常包罗分外的被遗忘的序列。
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关于抗生素抗性基因
pBR322有两种抗性基因：tet(四环素耐药)和amp(氨苄青霉素耐药)。这些基因划分编码一个外排泵(tetR)和β-内酰胺酶(ampR)从细胞中渗出四环素和氨苄青霉素。Tet和amp从差别的偏向阅读。
记着，β-内酰胺酶对青霉素类抗生素的解毒没有特异性。以是纵然你有两个差别复制起点的质粒，若是一个表达了甲氧西林耐药基因另一个表达了氨苄青霉素抗性基因，你也不能同时选择两个质粒。
当使用限制性内切酶位点将目的基因克隆到质粒时，要注意哪些位点属于你的抗生素抗性基因。例如，BamHI在TetR的中心酶切。我们都知道，基因的损坏会导致基因功能的失活——在这种情况下，就是抗生素耐药性。
复制若何最先和住手?
质粒除了基因外，通常还包罗转录启动子和终止子来自E.coli噬菌体。噬菌体SP6和T7的启动子常用于体外RNA扩增。它们需要噬菌体聚合酶，因此在体内不活跃。
下图为爪蟾卵母细胞表达载体pTLNX的表达图谱。除了常见的pBR322 ori和抗生素耐药基因AmpR和CmR(氯霉素耐药)外，还存在SP6和lacUV启动子。在SP6启动子下游，rrnBT2终止子允许克隆到多克隆位点的基因有用终止。
pTLNX载体还具有质粒选择基因(ccdB)，以及病毒SV40核定位信号和Xenopus globine 3 ‘ UTR，允许克隆基因的高表达。
质粒图谱总是在进化，最好使用已知的图谱资源库，如Addgene、Entrez-PubMed等，以免忽略一些“不重要”的特征，而这些特征对您的实验可能是至关重要的。
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